Una delle squadre di ricognizione di Atlantide è dispersa e la Dottoressa Weir decide di inviare Sheppard con una squadra per ritrovarla. Giunta sul pianeta la squadra di Sheppard si imbatte nei cadaveri di soldati Genii morti probabilmente qualche mese prima e investigando ritrova anche i corpi della squadra terrestre ma non il comandante. Secondo il Dottor Beckett si sono uccisi a vicenda, come i Genii. All'interno di una caverna viene scoperto uno strano congegno Wraith il cui scopo è ignoto e McKay tenta di capirne il funzionamento, ma nel frattempo la squadra viene attaccata dal Maggiore Leonard, il sopravvissuto della squadra terrestre.
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| Titolo Originale | Phantoms |