Dopo aver rinunciato alla sua posizione al Comando Stargate, la Dr. Elizabeth Weir ha lavorato in Antartide, raccogliendo membri per una spedizione per raggiungere la città perduta di Atlantide.
Non appena Dr. jackson trova l'indirizzo ad 8 simboli, inizia una nuova avventura in una nuova galassia. Q
uando raggiungono Atlantide trovano un,enorme città abbandonata in fondo al mare. Lo ZPM che alimentava lo scudo da più di 10000 anni comincia a esaurirsi. Dunque la squadra dovrà andare sul pianeta di Athos, dove incontrerarà Teyla, per cercare una nuova fonte di energia.
