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Gigantesca città degli antichi piena delle più incredibili tecnologie, probabilmente serviva da snodo per le attività degli Antichi nella galassia Pegaso. Al loro arrivo, la squadra Stargate ne ha fatto la loro casa e base delle operazioni. La città è formata da un'isola centrale, che include la torre di comando, circondata da sei piloni angolari.
In passato, l'energia era fornita da tre ZPM, ormai esauriti e sostituiti da numerosi reattori al Naquadah portati dalla Terra.
La città è anche un astronave, originariamente "appoggiata" sull' antartide terrestre. In un periodo di tempo compreso tra i 5 e i 10 milioni di anni fà, gli Antichi decisero di partire per esplorare spazi sconosciuti e giunsero nella Galassia Pegaso, dove sparsero la vita su diversi pianeti.
Quando incontrarono i Wraith, gli Antichi peccarono forse di presunzione sottovalutandoli, i Wraith erano infatti il primo nemico in grado di competere tecnologicamente con loro mai incontrato. Una volta risvegliati, i Wraith si nutrirono degli abitanti di tutta la galassia, fino a che solamente Atlantis rimase intoccata.
Per proteggere la città la inabissarono sul fondo dell'oceano. In questo modo resistettero per anni ma alla fine i superstiti decisero di tornare sulla Terra attraverso lo Stargate.
Quando la spedizione Atlantis attraversa lo Stargate e mette piede nella città, viene rilevata dai sensori e tutti i sistemi si attivano automaticamente, la città pian piano si risveglia a suo passaggio, dando fondo agli ultimi residui di energia degli ZPM. Proprio quando lo scudo che protegge la città dall'oceano inizia a cedere, i blocchi che la tengono ancorata al fondale si sbloccano e la città riemerge, come un isola nel mezzo dell'oceano. Il continente si trova a circa 25 minuti di volo con il puddlejumper.
Atlantis è formata da diversi edifici di diverse dimensioni, lo stargate si trova nella torre centrale, mentre i vari bracci della città sono collegati tra loro da camere di teletrasporto.