Colti da un improvviso attacco su di un mondo alieno, i componenti militari e scientifici di una spedizione terrestre, insieme ad un gruppo di civili, sono costretti a fuggire attraverso lo Stargate.
Una volta riemersi dall'altra parte, scoprono di trovarsi in un vascello degli Antichi chiamato Destiny. Sebbene deserta, la nave è impegnata in una missione che non le consente di fare ritorno, ma solo di proseguire nel suo viaggio attraverso una galassia sconosciuta.
Mentre cercano di capire come trovare un modo per uscire dall'incresciosa situazione, militari e scienziati si contendono il comando della spedizione, ignari dei nuovi ed insidiosi pericoli che potrebbero nascondersi nella zona di spazio nella quale sono involontariamente arrivati.
