L'arrivo dell'astronave Daedalus fornisce una breve tregua agli assediati, ma i Wraith si stanno già riorganizzando e serve un nuovo piano di difesa.

Nel frattempo il tenente Ford, dopo essere stato infettato da un Wraith, viene ritrovato in condizioni disperate. Il dottor Beckett pensa di poterlo salvare, ma il rimedio potrebbe essere peggiore del male.

Le Navi-alveare Wraith sono ferme al limitare della Galassia di Pegaso, pronte ad effettuare il salto verso la Via Lattea per invaderla.

Prigionieri a bordo di una di esse, McKay e Ronon tentano una fuga disperata mentre all'estreno della stessa nave il colonnello Sheppard a bordo di un F-302 cerca un modo per impedire alla flotta aliena di arrivare sulla Terra.

Alla deriva nello spazio con lo scudo protettivo della città in esaurimento, la squadra deve provare il tutto per tutto per mantenere Atlantide in vita.

Una ferita letale minaccia la vita della Dottoressa Elizabeth Weir.

Alcuni componenti della Missione Atlantide rimangono intrappolati nel crollo di un laboratorio di Michael mentre sono alla ricerca di Teyla; il Colonnello Carter conduce una missione di salvataggio, ignara che l'ibrido Wraith è ritornato nei paraggi avvisato dall'allarme scattato nel suo laboratorio.

Un organismo alieno provoca la momentanea incapacità della dottoressa di continuare il suo lavoro. La situazione si aggrava e la base di Atlantide viene sopraffatta da questo biopolimero trovato nel sangue della Keller dopo il suo ritorno dal pianeta dove Michael aveva il laboratorio di bioricerca. In cerca di una fonte di energia sempre più grande questa "pianta" riesce a collegarsi al condotto che porta allo ZPM, ma Sheppard risolverà la situazione.