Atlantis è in fibrillazione allorquando una nave alveare Wraith sta per entrare in orbita. La Daedalus, comandata dal Colonnello Caldwell, e la Orion, sotto il Comando di Sheppard, sono nascoste, in attesa di intervenire. Ma non sarà necessario perchè la vera intenzione dei Wraith, capitanati da Micheal e da una giovane regina Wraith, non è quella di attaccare Atlantis, bensì di formare un alleanza con l'SGA. Intendono infatti usare il retrovirus creato dal Dottor Beckett contro altre fazioni Wraith, in modo da avere un vantaggio tattico nella guerra civile scaturita da un ridotto "terreno di pascolo". Ma nonostante gli sforzi di collaborazione da entrambe le parti, l'alleanza alla fine viene meno, in quanto i Wraith riescono a carpire dal database di Atlantis le vere informazioni che cercavano: le specifiche dell'iperguida dell'Aurora e la posizione della Terra, verso la quale ora puntano due navi alveare.
Dettagli
| Titolo Originale | Allies |
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NAVI: PERSONAGGI: |
Il Dott. 
Un Tenente affetto da amnesia fa delle scoperte sconcertanti sul suo conto. E' un Wraith trasformato da una droga creata dal Dott. 
Sheppard e il resto del team, vengono mandati alla ricerca di una squadra dispersa e, inaspettatamente, si trovano nel bel mezzo di un colpo di stato dei Genii
La squadra recupera due capsule di salvataggio che contengono, nei loro sistemi, le menti di due alieni che riescono con l'inganno, a prendere il controllo dei corpi della Weir e di