A causa di una eruzione solare mentre attraversava lo Stargate, la SG-1 viene mandata indietro nel tempo fino al 1969 in una base militare segreta.
Seguendo le istruzioni di una lettera che le ha dato il Generale Hammond, Carter si mette subito alla ricerca di un giovane tenente che però rimane senza parole dopo aver letto il contenuto della lettera.
Il tenente riesce ad aiutare la SG-1, che nel frattempo era stata messa sotto interrogatorio, a scappare, dicendo che la lettera sembra sia stata scritta da lui ma nel futuro.
Alla disperata ricerca dello Stargate per poter ritornare nel presente, la squadra tenta di contattare Catherine Langford, la quale, secondo loro, potrebbe conoscerne la posizione.
Diretti a New York per cercarla, si fanno dare un passaggio da Michael e Jenny, due amichevoli "figli dei fiori" diretti a Woodstock.
I due immediatamente capiscono che O'Neill e gli altri membri della SG-1 sono dei fuggitivi e, credendoli alieni, decidono di aiutarli a tornare a casa.
Carter scopre che la nota di Hammond include anche la data della prossima eruzione solare.
La SG-1 deve fare di tutto per trovare lo Stargate in tempo prima che sia troppo tardi e la loro unica chance di lasciare il passato sia persa per sempre.

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Un ragazzino guadagna l'accesso allo S.G.C. e dice alla SG-1 che è venuto con sua madre, che sarebbe un membro di una razza che può rendersi invisibile, i Re'tu. Il ragazzo, che chiede di essere chiamato Charlie (come il figlio morto di O'Neill), annuncia che iGoa'uld hanno distrutto il suo pianeta, Retalia, ed ora ribelli Re'tu si sono prefissati lo scopo di uccidere tutti gli esseri umani. I ribelli credono che uccidendo tutti i potenziali ospiti Goa'uld, gradualmente riusciranno ad eliminare gli stessi Goa'uld. Sua madre lo ha creato per servirsene come intermediario tra i Re'tu e i Tau'ri e per avvertirli dell'imminente attacco dei ribelli, ma a causa della sua accelerata crescita, gli organi del ragazzo si stanno deteriorando e morirà presto a meno che non riceva un aiuto medico da parte di qualcuno molto esperto. La SG-1 chiede aiuto a Jacob Carter; egli porta un dispositivo che può rendere visibili i Re'tu, consentendo quindi di distruggerli, ma potrebbe essere troppo tardi, perchè i Re'tu sono pronti all'attacco; anzi, alcuni potrebbero già essere penetrati nello S.G.C.

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Durante una missione di ricognizione di routine, l'UAV si schianta contro una pianta simile a un cactus su un pianeta abitato da strani esseri.
Mandati a recupaerare l'UAV, la SG-1 scopre che gli abitanti del pianeta sono alquanto amichevoli, gentili e più semplici degli umani.
Poco dopo l'arrivo della squadra, però, gli alieni iniziano ad ammalarsi e in poco tempo la malattia contagia tutta la popolazione del villaggio.
Carter ritorna al Comando con un alieno malato nel tentativo di trovare una cura.
O'Neill e Daniel invece cominciano a comportarsi in modo strano e ad avere dei mal di testa che però scompaiono una volta tornati alla base.
Mentre il numero degli alieni colpiti dalla malattia cresce, sembra che la SG-1 sia l'involontaria portatrice del virus che minaccia l'intera popolazione aliena.

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Quando la SG-1 scopre per caso il laboratorio di un antico nemico dei Goa'uld, Ma'chello, cade immediatamente vittima della sua invenzione più potente, una macchina che scambia i corpi di quelli che ne vengono in contatto.
Ma'chello così prende il corpo di Daniel, mentre il giovane archeologo si ritrova intrappolato in quello di un vecchio e morente uomo.
Nel corpo di Daniel, Ma'chello giunge al Comando Stargate e prova il sapore della vita sulla Terra per la prima volta, mentre Daniel giace su un lettino in punto di morte in ospedale.
Nel tentativo di salvare il il loro amico, O'Neill e Teal'c portano la pericolosa invenzione alla base, ma accidentalmente la toccano e si scambiano di corpo anche loro.
Quando Ma'chello viene ritrovato e riportato al Comando rivela che il processo di scambio è irreversibile.

Informazioni Aggiuntive

Grazie a zenzero per le citazioni.

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