Daniel Jackson rimane affascinato dalle alcune immagini trasmesse dal M.A.L.P., in missione su un altro pianeta. La trasmissione video infatti mostra quella che sembra una enorme piramide Maya al cui interno si trova un luccicante teschio di cristallo.
Daniel racconta ai suoi compagni e al Generale Hammond che il teschio sembra identico a quello che suo nonno, Nicholas Ballard, ritrovò in Belize nel 1971.
Daniel continua raccontando che secondo suo nonno il teschio possedeva il potere di trasportare la gente in un luogo abitato da alieni. Quando però la comunità accademica lo derise a causa di quelle che sembravano delle scoperte ridicole, Nicholas non si riprese più.
La SG-1 così si reca sul pianeta per investigare.
Daniel si avvicina al teschio e lo guarda negli occhi.
Ad un tratto l'intera caverna in cui si trova il teschio comincia ad emettere radiazioni ad alti livelli.
La squadra è perciò costretta da evacuare la zona, tuttavia Daniel rimane ipnotizzato a quando si risveglia scopre che il suo corpo è diventato invisibile.
O'Neill, Carter e Teal'c devono riuscere a fuggire prima che le radiazioni diventino letali lasciandosi però dietro l'invisibile Daniel.
Più tardi, Teal'c, protetto dal suo simbionte, si reca nuovamente sul pianeta in cerca di Daniel, ma dal momento che non riesce a trovarlo, prende il teschio e ritorna al Comando SG senza sapere di non essere tornato da solo: Daniel, sempre invisibile, infatti è riuscito a seguire il Jaffa attraverso lo Stargate fino alla Terra.
La SG-1 si vede così costretta a richiedere l'aiuto del nonno di Daniel che, da quando è stato umiliato per non essere riuscito a dimostrare le sue teorie sul teschio di cristallo, è ricoverato in una clinica psichiatrica.
Nonostante ciò la SG-1 riesce a portare Nicholas Ballard al Comando nella speranza di scoprire il segreto del teschio e di riportare Daniel a casa.

Dettagli

Bra'tac, accompagnato dal suo apprendista Jaffa, arriva al Comando SG bisognoso di assistenza medica e dice che Chulak, pianeta natale suo e di Teal'c, è stato brutalmente attaccato da Apophis il quale, tuttavia, sembrava in cerca di qualcosa in particolare.
Daniel deduce subito che quel "qualcosa" in realtà è l'Harcesis, ovvero il figlio di Apophis e Sha're/Amonet, che contiene in se tutta il sapere dei Goa'uld.
Usando le conoscenze di Bra'tac insieme ai dati disponibili nei computer del Comando, Daniel e la SG-1 decidono di recarsi sul pianeta dove con molta probabilità è accudito il bambino prodigio, Kheb, un luogo leggendario per i Jaffa e per i Goa'uld.
Daniel e gli altri membri della SG-1, però, realizzano in fretta che anche Apophis potrebbe riuscire a trovare il pianeta seguendo le loro stesse conclusioni.
La ricerca dell'Harcesis diventa così per la SG-1 una corsa contro il tempo, devono riuscire a trovarlo prima di Apophis.

Dettagli

La SG-1 si reca sul pianeta Bedrosia dove, a loro insaputa, due culture sono in guerra a causa delle loro opposte credenze in merito allo Stargate.
Al loro arrivo sul pianeta, fanno la conoscenza di Nyan, un curioso scienziato.
Nyan spiega alla SG-1 che il loro arrivo attraverso lo Stargate prova che le credenze del popolo rivale, gli Optriciani, sono vere e che gli umani sono stati portati su Bedrosia da alieni attraverso quel portale.
Il suo popolo, i Bedrosiani, invece è convinto che la vita umana si sia evoluta senza l'ausilio dello Stargate e che fu creata dal Dio che attualmente adorano, Nefertum.
L'arrivo della SG-1 viene subito scoperto da un gruppo di Bedrosiani e dal loro leader, Rigar.
O'Neill, Carter e Daniel vengono fatti prigionieri, mentre Teal'c e Nyan riescono a fuggire per miracolo, anche se il Jaffà, ferito agli occhi, è rimasto accecato.
Rigar rinchiude in cella i tre prigionieri e li interroga su come siano riusciti ad arrivare sul pianeta.
Rigar infatti crede che si tratti di tre spie Optriciane, quando gli dicono che sono arrivati fin lì utilizzando lo Stargate.
Pittusto che affrontare la possibilità che l'intero sistema in cui crede il suo popolo sia sbagliato, Rigar sceglie di distruggere tutte le prove, compresa la SG-1.
Anche se cieco, Teal'c, con l'aiuto di Nyan deve riuscire a liberare i suoi amici prima che Rigar metta in atto il suo piano. 

Dettagli

La SG-1 si reca su Tollana per negoziare un accordo. O'Neill però rimane estremamente infastidito dal rifiuto dei Tollan di cooperare a causa della loro paura che le armi date alla Terra vengano usate dai Terrestri per combattere tra di loro dopo essere state usate contro i Goa'uld. Sulla via del ritorno verso lo Stargate, O'Neill, con lo stupore del resto del team, ruba un dispositivo Tollan. Dopo essere venuto a conoscenza dell'accaduto, un costernato Generale Hammond solleva il Colonnello O'Neill dal comando della SG-1. Ma quando i Tollan fanno visita al Comando SG e annunciano la loro intenzione di rompere ogni relazione con la Terra, Hammond non ha scelta e si vede costretto ad offrire a Jack un congedo anticipato. Il Colonnello Maybourne, che è venuto a conoscenza dei fatti, si reca a casa di O'Neill per fargli un'interessante offerta: collaborare con una squadra segreta che ha il compito di impadronirsi di tecnologia aliena usando il secondo Stargate O'Neill, dopo averci pensato per qualche giorno, decide di accettare l'offeta di Maybourne e parte per la sua prima missione. Jack è davvero diventato un traditore?

Dettagli