Quando la reporter televisiva Julia Donovan chiede al Capitano Carter spigazioni in merito ad un progetto top secret del governo chiamato Prometheus, il Presidente stesso ordina al Generale Hammond di insabbiare immediatamente la storia.
Tuttavia la Donovan riesce a trattare un'accordo col quale promette di non divulgare notizie, se non quando lo dica il Presidente degli Stati Uniti in persona, a patto di poter visitare e preparare un servizio completo sul segretissimo progetto Prometheus.
La giornalista e la sua troupe, giunti sul luogo, in compagnia di Carter e Jonas, scoprono con enorme stupore che la Prometheus (X-303) in realtà è un'astronave nata dalla combinazione di tecnologia umana e aliena.
Mentre Carter porta la Donovan e il suo produttore a visitare il resto della nave, i membri della troupe, che nascondevano degli zat nelle telecamere, riescono a mettere fuori combattimento le guardie e attivano i controli principali della nave compreso l'iperdrive.
Carter capisce quello che sta succendo ma è troppo tardi, viene catturata e rinchiusa in uno scompartimento della nave.
Le richieste del gruppo sono precise: se non verranno immediatamente liberati il Colonnello Simmons e Adrian Conrad, faranno esplodere i motori al Naquadah della nave.
Al Maggiore Davis non resta che accogliere le richieste dei sabotatori e ordina di liberare e condurre da lui Simmons e Conrad, i quali prendono il controllo della nave e riescono a portarla in orbita.
Destinazione, un pianeta che secondo Conrad nasconde un immenso arsenale di armi Goa'uld.
A questo punto gli unci in grado di risolvere la situazione sono rimasti O'Neill e Teal'c.

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L'SG-1 fa visita al pianeta Pangar, dove uno Stargate funzionante è stato recentemente scoperto tra delle rovine.
Gli scienziati Pangariani, popolo meno progredito tecnologicamente rispetto alla Terra, hanno sviluppato una miracolosa medicina chiamata tirtonio in grado di rendere immuni da ogni tipo di malattia.
I leaders Pangariani, Tegar e Dollen, offrono a O'Neill, in veste di rappresentante della Terra, i segreti del tritonio, in cambio però chiedono all'SG-1 di insegrare loro come utilizzare lo Stargate per effettuare viaggi interplanetari.
Tuttavia, i pianeti che chiedono di visitare sono tutti controllati dai Goa'uld e quindi dichiarati off-limits.
Nel frattempo Jonas e Teal'c, in visita agli scavi, fanno la conoscenza della dottoressa Zenna Valk, che sta tentando di decifrare le iscrizioni sulle pareti di quella che sembra essere un'antica tomba Goa'uld.
Zenna però ha un segreto che riguarda la medicina e intende svelarlo a Jonas, lontano però dagli occhi indiscreti delle guardie.
Jonas, incuriosito, insieme a Teal'c riesce ad entrate di nascosto nel laboratorio in cui viene preparato il tritonio, ma lì dentro li attende un'amara scoperta.
I Pangariani infatti ottengono la loro preziosa medicina da simbionti Goa'uld allevati in cattività in immense piscine. 
I due però vengono scoperti e in seguito a una colluttazione Jonas e una guardia cadono nella piscina brulicante di simbionti; uno di questi infatti riesce ad entrare nel corpo della guardia.
Il simbionte però sembra tutt'altro che attivo e se non viene rimosso in tempo lo sfortunato ospite rischia di morire; l'unica possibilità di salvarlo è quella di contattare i Tok'ra i quali, giunti sul pianeta, scoprono che la regina Goa'uld, della quale i Pangariani si servono per avere i simbionti, altri non è che la regina Egeria dei Tok'ra, ritrovata ancora viva 50 anni prima in una tomba scoperta durante gli scavi.
I Tok'ra Malek e Keelma decidono di liberare la loro Regina, consapevoli, però, del fatto che se lo faranno migliaia di Pangariani moriranno.
Infatti la miracolosa medicina che i Pengariani producono grazie ai simbionti deve essere presa regolarmente a causa degli effetti collaterali che provoca al loro sistema immunitario.
Ai Tor'ra e all'SG-1 a questo punto non resta che trovare una cura per salvare i Pangariani, ma l'unica che può aiutarli è Egeria stessa. 
Proprio Egeria era la causa del degradamento cellulare dei simbionti che partoriva; il suo unico scopo infatti era quello di far cessare la produzione della medicina così da poter essere lasciata libera di morire in pace.
Grazie al sacrificio di Keelma, come ultimo atto di benevolenza prima di spegnersi definitivamente, Egeria spiega come compensare ai danni provocati dal tritonio e salvre così i Pangariani.

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Sfuggendo ad un attacco dei Goa'uld, i Tok'ra devono rifugiarsi alla base Alpha dell'S.G.C. con l'aiuto della squadra SG-1.
La base Alpha è occupata, attualmente, dai ribelli Jaffa.
Dopo secoli di inimicizia e scontri il rapporto fra Tok'ra e Jaffa, pur trovandosi nelle stesse condizioni ed a combattere la stessa guerra, non è semplice, e scoppiano alcune scaramucce fra le due razze.
Le cose si complicano quando il maggiore Carter si accorge che un generatore al Naquadah è stato manomesso e che se non se fosse accorta l'esplosione avrebbe annientato base Alpha.
A seguito di questa scoperta aumenta la diffidenza fra i due popoli e la situazione sembra esplodere nel momento in cui viene trovato morto un Tok'ra; viene accusato dell'omicidio, tramite un rilevatore di Za'tarc, un Jaffa con cui si era già scontrato precedentemete. Poco dopo il presunto colpevole, imprigionato a seguito delle accuse, viene trovato morto.
Questo fa si che si alzi il livello della tensione fino a rischiare uno scontro armato e direto fra Tok'ra e Jaffa.
Se l'alleanza fra Terrestri, Jaffa ribelli e Tok'ra dovesse venire meno, verrebbe sferrato un duro colpo alla resistenza ai Goa'uld.

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La SG-1 e una squadra di scienziati si trovano su un pianeta su cui è presente tecnologia Goa'uld.
Mentre gli scienziati si dedicano ad analizzare i reperti, arriva un Ha'Tak ed una squadra di Goa'uld attacca i terrestri. O'Neill ordina agli scienziati di rientrare sulla Terra prima di ingaggiare i Goa'uld.
La SG-1 viene catturata e traspostata sull'Ha'Tak, ma gli scienziati, che hanno assistito allo scontro disubbidendo agli ordini,si trasportano sulla nave utilizzando gli anelli trasportatori che stavano studiando.
I dottori Felger e Coombs decidono di tentare una missione di salvataggio, e mandano il terzo collega ad avvisare il comando Stargate sulla Terra.
Durante il viaggio verso il Goa'uld che ha ordinato la cattura dell'SG-1, gli scienziati riescono ad arrivare alla cella dove è tenuta la squadra di O'Neill; qui O'Neill li informa, con estremo disappunto, che la cattura era stata organizzata e che il Goa'uld che li fatti catturare è in realtà un Tok'ra.
Ovviamente la presenza dei due scienziati rischia di compromettere la missione.
Giunti a destinazione, Felger e Coombs vengono nascosti sulla nave Goa'uld, grazie ad alcuni Jaffa fedeli ai Tok'ra, e l'SG-1 viene portata sul pianeta.
Una volta giunti sul pianeta, i Jaffa si rivoltano contro il Goa'uld, accusandolo di essere un Tok'ra, uccidendo lui e tutti i Jaffa a lui fedeli; la SG-1 viene imprigionata in attesa di essere consegnata ad Anubis.
Felger e Coombs si accorgono del ribaltamento della situazione, ma non essendo soldati non sanno cosa fare; data la situazione solo loro possono trovare un modo per liberare l'SG-1.

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