La SG1 in missione su P2S-4C3 visita Kelowna, una nazione tecnologicamente somigliante agli Stati Uniti degli anni 40. 
La squadra viene in contatto con Jonas Quinn, un consigliere speciale dell'Alto Ministro di Kelowna. Durante l'incontro, Jackson e O'Neill scoprono la costruzione di una arma nucleare al Naquadria - variante potente ma instabile del Naquadah. Ricavata da manufatti Goa'uld rinvenuti insieme allo Stargate locale, la bomba viene accidentalmente attivata nel laboratorio dove veniva studiata, e Daniel nel tentativo di salvare gli scenziati dalla disastrosa esplosione viene colpito da una dose letale di radiazioni. Accusata di sabotaggio, la SG1 lotta per scoprire la verità sull'accaduto, ma il tempo stringe.
Nel frattempo, sulla Terra, giunge Jacob dei Tok'ra per tentare di salvare Daniel il quale riceve una visita da Oma DeSala, e decide di intraprendere un radicale cambiamento nella sua esistenza.

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Grazie a Teal'c

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C'è un pianeta che possiede come unica difesa "la Sentinella", un'arma misteriosa della quale due ex-agenti della N.I.D. han tentato di carpirne i segreti smontandola e rimontandola.
Questi son stati in seguito arrestati e condannati, ma l'arma non funziona più, dato che ora il pianeta sta per essere invaso dal Goa'uld Svarog.
O'Neill convince quindi i due criminali ad unirsi alla sua squadra per aiutarli a riparare il congegno sul pianeta alieno.
La SG-1 e i due criminali, insieme alla SG-3, giungono quindi sul pianeta, brulicante di Jaffa.
O'Neill e un membro della SG-3 vanno dal capo del popolo del pianeta in questione, mentre gli altri, guidati dagli ex-agenti NID, raggiungono la Sentinella.
Questo congegno è ben protetto da una barriera che può essere disattivata solo trovando una giusta combinazione abbinata a suoni. I due criminali si mettono all'opera per aprire il passaggio che, con l'aiuto di Daniel, viene aperto proprio nel momento in cui Teal'c e il maggiore Carter sono messi in difficoltà da diversi guerrieri Jaffa.
O'Neill intanto stà spiegando la situazione al capo della città vicina, che è un tipo molto pacifico e non capisce appieno quel che vogliono i Goa'uld, cioè la schiavitù per il loro popolo.
Presto iniziano i bombardamenti dall'orbita dell'astronave madre di Svarog e il primoJaffa giunge nella stanza stordendo O'Neill e il membro della SG-3.
La donna ex-agente NID viene colpita da un Jaffa al momento della chiusura della barriera, mentre il compagno tenta di capire perchè il congegno non vuol funzionare.
Quando vengono portati O'Neill e il compagno, incatenati, di fronte alla barriera, i due criminali rivelano a Carter e Daniel che quando eran giunti alla Sentinella la prima volta, c'era un guardiano umano che li ha sorpresi e loro hanno sparato.
L'ex-agente NID intuisce quindi che il congegno ha bisogno di una componente umana per funzionare, proprio quando O'Neill e il membro della SG-3 stanno per essere uccisi dai Jaffa di fronte ai loro occhi.

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La SG-1 arriva su un pianeta desolato che una volta ospitava una razza tecnologicamente avanzata. Qui trova una ragazza androide disattivata ma perfettamente conservata ed ottiene il permesso di portarla all'S.G.C. per esaminarla.
Carter trova la cella d'energia nell'androide e riesce a ricaricarla. Quando la ragazza si riattiva, essa pare impaurita e ignara di essere un'androide. La SG-1 le riferisce come l'han trovata, sperando di aver informazioni da lei, che però a parte il suo nome, Reese, dice di non sapere nulla.
Reese prende in simpatia Daniel, il quale cerca di ottenere informazioni da lei, ma con scarsi risultati. L'androide appare impaziente e vorrebbe visitare la Terra e divertirsi. Anche se ha l'aspetto di una giovane e bella donna, ha la maturità di una bambina.
O'Neill ritorna sul pianeta e scopre blocchi di Replicatori disattivati. E' la prima traccia di Replicatori nella nostra galassia.
In cerca di risposte, la SG-1 decide di rivelare a Reese di essere un'androide. Questa però rifiuta la cosa e scaraventa Daniel al di là della stanza.
Jackson torna presto da lei per riprovare a parlarle, ma la ragazza ha un regalo per lui per farsi perdonare: un Replicatore!
Scoprono quindi che Reese, grazie alla nanotecnologia con cui è stata creata, è la creatrice dei Replicatori e può controllarli. 
La base viene subito sigillata e il replicatore messo in quarantena.
La SG-1 informa Reese che i Replicatori hanno ucciso milioni di persone e sono diventati una piaga per più galassie, ma lei rifiuta di crederci, per lei sono solo giocattoli. Reese inizia a pensare che loro la odino, proprio come faceva la gente del suo pianeta che pensava che suo padre l'avesse creata male.
Stancatasi di restare rinchiusa, Reese ha di nascosto creato un altro Replicatore che ha iniziato a replicarsi, finchè la ragazza non li libera per la base.
O'Neill e Hammond guidano il combattimento contro questi ragni metallici, che presto disattivano e prendono controllo dei sistemi della base. Carter e Hammond preparano l'autodistruzione dell'SGC, mentre Daniel tenta di convincere Reese a cessare tutto questo.

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Un formidabile e carismatico guerriero Jaffa, Kytano, alla guida di centinaia di seguaci ribelli conquista la fiducia di Bra'tac e Teal'c, i quali convincono anche la SG-1 e il generale Hammond ad appoggiare la loro causa. Portando una proposta di allenza con aiuti di cibo ed armi, la SG-1 giunge sul pianeta dei Jaffa ribelli, dove O'Neill inizia a dubitare di Kytano, soprattutto quando questo manda un gruppo di suoi seguaci in una missione suicida attraverso lo Stargate. Il colonnello decide quindi di ritirare la sua offerta di alleanza e di tornare sulla Terra, ma Teal'c non è d'accordo e accetta di andare sul pianeta del Goa'uld Yu con pochi altri Jaffa per sconfiggere quest'ultimo che pare sia debole al momento, nonostante l'opposizione di O'Neill. Ma Teal'c vien presto catturato e rilasciato da Yu, per smascherare Kytano, il quale è in realtà lo stesso Goa'uld Imhotep che diceva aver ucciso. Teal'c per provarlo lo sfida quindi a un combattimento all'ultimo sangue.

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